1968 Nutzungsverbot für die Schlosskirche
Dieser unscheinbare Vermerk war das äußere Zeichen, dass der Staat - auf der Basis des Verteidigungsgesetzes von 1961 - das alleinige Nutzungsrecht an der "Stiftskirche" ab Januar 1968 übernahm. Kirchenrat und Pfarrer konnten das Gebäude nur noch einmal im Jahr von innen in Augenschein nehmen. Daran änderte sich auch nichts, als Ilsenburg 1972 aus dem Sperrgebiet herausgenommen wurde. In den folgende Jahren traten an Gebäude und Inventar umfangreiche Schäden auf, da die städtische Verwaltung Ilsenburgs nur wenig für die Sicherung von Gebäude und Inventar sorgte. Besonders die Orgel hatte es hart getroffen. Sie ist durch eingedrungene und demolierende Jugendliche weitgehend zerstört worden.
Die Gemeinde verkaufte die - für sie nun nutzlos gewordene - Kirche schließlich 1978. Wie der damalige Pfarrer in die Chronik schrieb: "mit sehr schwerem Herzen". Da das Inventar wie Altar, Kanzel, Orgel, Glocken, Bänke u.a. in Eigentum und Nutzung bei der Kirche blieb, unternahm der Gemeinde-Kirchen-Rat umfangreiche Bemühungen, es zu nutzen und zu erhalten. Die Unterlagen künden von einem zähen Kampf mit der staatlichen Verwaltung, die sich oftmals wenig kooperativ verhielt. So gab es zum Beispiel das intensive Bestreben, die Glocken, abzubauen und neben der Marienkirche in einem kleinen Turm aus Holz wieder aufzuhängen. Es war nicht erfolgreich. Das Geläut, das in den 1970ern auf Antrag noch zu besonderen Anlässen erklingen durfte, hatte ab 1980 vollständig zu schweigen, denn einige Gäste des Ferienheims wollten solcherart "Lärm" nicht hinnehmen.
Ebenso wenig zum Ziel führte die seit Anfang der 1970er Jahre mehrfach erhobene Forderung, dass der Staat die Schäden am Inventar regulieren müsse, denn er hatte ja seine Pflicht für Erhaltung und Pflege des Gotteshauses nicht erfüllt. Die Anerkennung der Forderung kam erst 1991 durch die Landesregierung. Doch das ist ein neues Kapitel in der Historie der Kirche, die zu Beginn Kloster-, dann Schloss- und schließlich Stifts- und am Ende wieder Schlosskirche genannt wurde: "St. Peter und Paul".